全球首個作物黃萎病菌資源和基因組數據庫上線
2020-11-16 15:08:44      來源:科技日報

據中國農科院最新消息,該院植物保護研究所作物黃萎病研究團隊與美國加州大學戴維斯分校聯合牽頭的“全球黃萎病菌基因組研究”計劃取得重要進展,搭建了國際上第一個作物黃萎病菌資源和基因組數據庫(Verticilli-Omics),並正式上線。用户可在該網站查閲收錄的菌種資源信息、測序基因組可視化展示、數據挖掘和分析等。

 團隊首席戴小楓研究員介紹,黃萎病被稱為植物“癌症”。作為引起黃萎病的病原真菌,大麗輪枝菌是一種毀滅性的土傳病原真菌,可侵染包括棉花、馬鈴薯、多種蔬菜瓜果和林木等在內的600多種植物,年均造成損失近百億美元;與馬鈴薯晚疫病並列為世界頭號檢疫對象。該病原難以防控的重要原因是種羣結構複雜,農業生產實踐中缺少分子流行檢測技術。

 針對這一難題,團隊聯合國內外16家科研機構開展協同攻關,構建了迄今為止來源最豐富的菌種資源庫,發起了“全球黃萎病菌基因組研究”計劃。目前已完成基因組解析工作(全基因組159株、重測序3624株),搭建了Verticilli-Omics數據庫1.0版本並開始線上運行。該數據庫收錄了來源於10個國家的26個寄主共8102份黃萎病菌菌種資源;釋放了159個大麗輪枝菌全基因組數據,佔目前全球已釋放大麗輪枝菌基因組總數的85%;搭建了基因組可視化、基因功能檢索、基因比對等分析平台。團隊目前還在搭建Verticilli-Omics數據庫2.0版本,主要展示全球大麗輪枝菌遺傳變異組數據。

 該項研究得到國家重點研發計劃政府間國際科技創新合作重點專項、中國農科院科技創新工程等項目支持。(科技日報 記者瞿劍)

編輯: 周拓 責任編輯: 曹月

廣告熱線:(0871)65364045  新聞熱線:(0871)65390101

24小時網站違法和不良信息舉報電話:0871-65390101  舉報郵箱:2779967946@qq.com

互聯網新聞信息服務許可證:53120170004

增值電信業務經營許可證(ICP):滇B2-20090009